지방산은 그 자신으로는 분광적 흡수도 없고 또 적당한 정색 시약도 없기 때문에 액체 크로마토그래피에는 적합하지 않고, 반대로 분자 중에 탄소원자가 많으므로 가스 크로마토그래피의 검출감도가 높다. 이러한 이유로 가스 크로마토그래피가 처음 개발되었을 때 최초의 분석 대상이 되었다.
지방산은 그 자신으로도 휘발성이 있으므로 그대로도 가스 크로마토그래피의 시료로 사용이 가능하지만, 일반적으로 휘발성이 보다 강한 유도체 통상 methylester로 한다.
시료에서 지방을 추출하고 검화시켰을 때, 검화되지 않는 물질을 제거한 다음 유리 지방산으로 하고 methylester로 하는 경우와 지질을 직접 methylester로 하는 경우가 있다.
전자의 경우는 지질의 구성 지방산에 탄소수가 적은 것이 많으면 지방산 혼합물 조제시에 휘발에 의한 손실이 생기지만, 후자의 경우는 불검화성 물질을 제거하지 않으므로 최종의 크로마토그램 위에 방해 피크가 나오는 경우가 있다.
따라서 시료의 구성 지방산에 탄소수가 적은 것을 포함하면 직접 에스테르화법을 시료에 불섬화성 물질이 많으면 유리 지방산으로 한 다음 에스테르화는 것이 좋다.

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